Il collectionne les bactéries !

14 millions supposés d’espèces sur la planète, et seulement un million ont déjà été décrites ! « 800 nouvelles espèces de microorganismes sont découvertes chaque année, précise Sylvie Lortal, spécialiste des bactéries d’intérêt alimentaire à l’Inra de Rennes, des bactéries ou des champignons microscopiques. »
Pour sauvegarder ces ressources, cette biologiste énergique a lancé le projet européen Embarc, destiné à rassembler les centres de ressources microbiologiques, qui conservent différents individus, différentes souches d’espèces connues. Une arche de Noé des bactéries, officiellement lancée pour trois ans au moins le 17 mars dernier, depuis le centre Inra de Rennes. « Aujourd’hui, il existe de nombreuses collections disparates, ajoute Sylvie Lortal, qui n’utilisent pas les mêmes modes de conservation ou d’identification des souches. Certaines sont l’affaire de passionnés et disparaissent lorsque le propriétaire part à la retraite. » Embarc a pour premier objectif d’harmoniser le fonctionnement des dix organismes venant de sept pays(1) déjà engagés dans le projet. Ils rassemblent à eux seuls plus de 200 000 souches.

Le concept des Centres de ressources biologiques (CRB) existe depuis 1999. Une labellisation des collections en quelque sorte, une garantie de qualité. Les collections de l’Inra, réparties dans quatre villes françaises, en font partie. À Rennes, dans le centre spécialisé dans les bactéries d’intérêt alimentaire, « chacune de nos 4000souches de bactéries est formellement identifiée avant d’être conservée sous deux formes, explique Florence Valence-Bertel, responsable de la collection, la cryogénisation à -80°C et la lyophilisation. Et stockée dans deux lieux différents. » On peut ainsi espérer conserver des échantillons pendant de nombreuses années. 

Lyophilisées en 1950

À l’Institut Pasteur, la plus importante des collections françaises, également impliquée dans le projet, des souches lyophilisées en 1950 est encore en état. Le projet pourra élargir ces normes aux différentes collections, proposer des formations et un accès aux différentes structures de recherche, pour étudier les souches et mieux connaître leurs propriétés.
Car les bactéries servent ! Embarc ne cherche pas à construire une bibliothèque de tubes à essai poussiéreux, mais à offrir une ressource accessible aux chercheurs comme aux entreprises privées. « Aujourd’hui, les procédés industriels sont très formatés et la biodiversité bactérienne des produits s’appauvrit. Or elle participe à la typicité des aliments. Parfois des industriels nous contactent, car ils souhaitent retrouver certaines caractéristiques aromatiques, par exemple, apportées par certaines souches. »

Un réservoir de gènes

Les biologistes travaillent également à une meilleure conservation de l’ADN issu des bactéries. Elles représentent le plus grand réservoir de gènes sur Terre. « Avoir accès à un plus grand nombre d’individus permettra peut-être de comprendre l’origine de la biodiversité microbienne et son évolution, ajoute Sylvie Lortal. Embarc sera une locomotive, pour pouvoir intégrer chaque nouvelle espèce décrite, et participer au développement du réseau international des CRB. » C’est un long voyage qui commence.