J’étudie des bactéries qui vivent en symbiose avec une crevette hydrothermale »

J’étudie des bactéries qui vivent en symbiose avec une espèce de crevette qui vit au fond de l’océan Atlantique, entre 2300 et 4200 mètres de profondeur, près de sources hydrothermales chaudes. Dans ces zones, l’activité du sous-sol a formé des cheminées qui laissent s’échapper des fluides pouvant atteindre 400°C. Les crevettes s’installent sur leurs parois, où la température oscille entre 5 et 25°C. Avec mon équipe, nous cherchons à comprendre comment elles se nourrissent à une telle profondeur sans lumière, ni algues. Les seules ressources sont celles rejetées par les fluides : soufre, fer, méthane, qui ne peuvent pas être utilisés directement par les animaux. Je m’intéresse donc à des communautés de bactéries implantées à l’intérieur même de la crevette. L’une est établie dans la tête hypertrophiée du crustacé, l’autre dans son système digestif. Nous présumons qu’elles transforment les minéraux en matières organiques et alimentent ainsi leur hôte. Pour ma thèse, je réalise une étude de tous les génomes microbiens présents dans la crevette. J’ai effectué des dissections pour prélever les zones colonisées sur des spécimens pêchés lors de campagnes océanographiques. J’ai ensuite extrait l’ADN, pour le séquencer. Maintenant, je dois chercher parmi ces séquences les gènes liés au métabolisme bactérien. Pour cela je pars trois mois, cet été, à l’Institut Max-Planck, en Allemagne. Je vais y apprendre des techniques d’analyse bio-informatique, qui vont me permettre d’identifier les groupes bactériens qui m’intéressent.